抑鬱症的形成和治療方法多是基於單氨系統假説（Monoamine hypothesis）：腦袋裏頭不夠血清素及其他神經傳遞物質，衹要口服抗抑鬱藥補上這些物質，抑鬱症症狀便可痊癒。
但多年研究卻發現，抑鬱症的形成可能取決於其他因素。科學家發現，抑鬱症患者的大腦，某些部位的活動水平。跟正常人有點不同。
舉1個例子。對於抑鬱症患者而言，他們腦袋前額葉的內側（Ventromedial prefrontal cortex, VMPFC）普遍的活動水平比較高。相反，他們腦袋前壓夾的外側（Dorsolateral prefrontal cortex, DLPFC），就是大概M字額缺少頭髮的那個位置，普遍的活動水平則比較低。
但當他們抑鬱症狀轉好之後。VMPFC的活動水平會降低，而DLPFC的水平則會提高。研究人員也發現。一些中風後的病人。若果VMPFC出現缺損。他們的抑鬱症狀。會變得輕微。相反，若果DLPFC出現缺損。他們便會變得更加抑鬱。
rTMS就是基於這個原理運作。rTMS透過磁場轉換，在腦部DLPFC的位置附近產生電流，從而刺激DLPFC，增加該位置神經的活動水平。他們假設抑鬱病人DLPFC的活動水平比其他人低，若果加以適當刺激。讓這個部位的活動水平回復正常。病人的抑鬱症狀便可得到舒緩。
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