rTMS不是藥物，卻是透過磁場轉換誘導電流，刺激腦部DLPFC，從而舒緩抑鬱症狀。
即使這個過程不是一蹴而就。患者需要連續6個星期，逢星期一至五到診所接受大概20分鐘的治療，一般需要一至兩個星期後才會慢慢看到成果。
患者在預約好的時間到達診所，並填妥，有關情緒的問卷，在診所助理的安排之下進入rTMS的治療房間。病人首先會安排在特製椅子上坐好，然後固定好頭部，慢慢放鬆休息。
醫生會為病人帶上特色的帽子，然後量度病人頭部的各個向度，從而計算出DLPFC的位置。這頂帽子醫生會為病人好好保存，用以往後每次治療之用。
在第1次、第10次和第20次的療程，醫生會首先替病人量度誘發電位（motor evoked potential），用以計算治療時所需用電劑量。醫生會嘗試用儀器放在病人大腦運動皮層之上作刺激，同時觀察病人拇指會否隨著刺激活動。
到正式治療之時，醫生會將儀器放到早前計算好的DLPFC之上。病人會感受得到一串又一串的脈衝，但在每一串脈衝之間病人也會有10數秒的休息。整個過程維持19分鐘。醫生一般會為病人佩戴耳塞，以減少儀器運作的噪音為病人帶來的困擾，完成治療後病人便可離開診所，回家好好休息。
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